Il documento più antico riguardante l’erezione del Seminario della nostra diocesi è il verbale dell’adunanza del Capitolo Lunense datato 6 settembre 1601. L’ordine del giorno della seduta prevedeva la nomina del canonico scelto dal Capitolo per preparare l’erezione del Seminario deciso nel sinodo di monsignor Giobatta Salvago dell’anno 1595. L’erezione del Seminario a Sarzana era in forte ritardo in rapporto alle decisioni del Concilio di Trento che nel 1563 aveva decretato la creazione in ogni diocesi di un istituto per la formazione del clero.
Il Seminario dopo una permanenza, non sappiamo quanto lunga, in un caseggiato attiguo alla cattedrale, donato al Vescovo dal “diletto popolo 
sarzanese”, durante il sinodo del 1595, fu definitivamente trasferito in un nuovo edificio eretto alla periferia nord sul luogo dove sorgeva il monastero delle Clarisse spostato al centro per i lavori di difesa della città.
Nel 1605 il vescovo monsignor Giobatta Salvago poteva comunicare al santo Padre che “finalmente” la diocesi aveva eretto il seminario e questa data è ormai considerata quella fondativa dell’istituto.
L’edificio di via Mascardi, sede del Seminario, ha subito nel tempo interventi vari di sistemazione e ampliamenti. Il più importante venne operato dal vescovo Ambrogio Spinola, come si legge nel Sinodo del 1717 e da una lapide (1727) posta nell’ala nord dell’edificio.
Vi fu poi l’epoca dell’episcopato di mons. Francesco Agnini (1837-1853), grande benefattore e restauratore del Seminario, che provvide a costruire la cappella, in cui volle essere sepolto, e lasciò la sua ricca biblioteca di oltre 2000 volumi.
Recentemente, sono stati effettuati importanti interventi di ristrutturazione.
